개정된 주요내용은 지금까지는 사유수면에서 양어장, 유료낚시업 운영 시 해당 관할 시장, 군수에게 신고하지 않고 운영이 가능했으나 수산물 안전성확보와 어업질서 확립를 위해 신고를 의무화했으며 이를 위반시 500만원 이하의 과태료를 처분 받게 된다.
또 동법에서 어업허가 우선순위를 정해 우선순위에 따라 내수면 어업허가를 했으나 허가권자인 시장·군수의 재량권을 확대할 수 있도록 지역어업 여건을 고려해 시·군 조례로 정해 우선순위를 정할 수 있도록 했으며 내수면에 서식하고 있는 민물고기의 포획금지기간과 포획금지 크기를 수산자원보호령으로 금지하고 하고 있었으나 이를 내수면 어업법으로 이관·관리하도록 했다.
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