해양생태 보전법률의 주요 내용으로 해양수산부는 10년마다 해양생태계의 보전·관리 기본계획을 수립해 국가적인 해양생태 관리체계를 구축하도록 했으며 전국 해역을 대상으로 해양생태계를 생태적·경관적 가치 등에 따라 등급화하는 생태도를 작성하여 권역별 해양생태 보존 방안을 마련하게 되고 회유성 해양동물의 보호 및 해양보호구역의 지정·관리 등에 대해서도 명확한 기준을 정립했다.
이 법률을 근거로 해양생물다양성의 감소를 초래하는 개발 사업자에게 해양생태계보전협력금을 부과해 해양생태의 보존 및 복원 사업비로 충당할 계획이다.
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