행정자치부의 지방세연구소 설립추진에 문제가 지적되고 있다. 연구원 정관의 기본취지와는 달리 원장이 이사장을 겸임하고, 원장 및 주요간부직 임용권을 행자부가 행사해 온 것이다.
그동안 지방행정연구원은 중앙정부와 지방정부가 이해충돌을 할 경우에는 지방자치단체인 시ㆍ도의 시각과 논리를 대변하기보다는 실질적인 운영권을 갖고 있는 행자부의 입장을 대변애 옴으로써 연구과제 선정, 연구결과 등이 중앙부처의 시각으로 나타났다.
그러나 행자부는 지난 11일 전국 시ㆍ도세정과장회의를 개최하고 의견수렴을 거쳤지만, 전국 시ㆍ도지사 및 지방자치단체는 지방세연구기관의 운영방식에 관해서 반대입장을 밝혔다. 그런데 2006년 9월 27일 당초 전국 시ㆍ도가 지방세 연구소 설치와 관련해서 행자부의 입장을 문의한 결과(8월 16일 공문발송), 행자부는 공문을 통해서 검토한 바가 없다고 답변했었다.
전국 시·도가 반대했음에도 갑자기 입장을 바꿔서 지방세연구소를 적극 추진하려는 이유는 지방자치 구현보다는 행자부의 소관기관을 늘리겠다는 의도가 담겨있다. 이는 한국지방행정연구원이 시ㆍ도 출연 연구기관임에도 사실상 행정자치부가 관리 운영하는 방안에 대해서는 전국 시ㆍ도가 분명하게 반대하고 있음에도 강행하려는 것이다.
그러나 지방 시ㆍ도는 지방세 연구소 신설의 당위성과 필요성은 인정하지만 관리운영을 행자부가 하려는 것은 옳지 않고, 지방세 및 지방재정 정책연구를 위해서 시도에 이관하는 것이 바람직하다.
또 행자부의 지방세 연구소 추진방식의 문제점은 설치근거를 ‘지방자치단체 출연 연구원의 설립 및 운영에 관한 법률’에 근거를 두지 않고 지방세법에 두어 법원칙에 어긋나고, 지방세 연구기관의 운영ㆍ감독 주체를 명시하지 않고 시행령에 위임하고 있어 자치단체 출연 연구원법에도 배치된다. 게다가 부칙을 통해 한국지방행정연구원이 그 업무를 집행하도록 특례를 규정한 것은 민법 제34조의 법인의 권리를 침해한 것이다.
연구원은 시·도가 출연한 연구기관이므로 시·도가 그 운영 주체가 될 수 있도록 해야 한다. 또 각 시ㆍ도가 대정부 대국회 정책건의를 위한 정책연구개발을 위해서 연구기관 신설이 필요하지만, 기존 한국지방행정연구원이 있기 때문에 이를 적극 활용하는 것이 합리적이다.