일반회계는 징병검사, 군소요 병력충원, 보충역복무자 관리 등에 1754억원을 편성했으며, 2011년 1768원 대비 14억원을 감액한 규모이다. 혁신도시건설특별회계는 서울소재 중앙신체검사소의 대구혁신도시 이전을 위한 2012년 완공소요를 반영, 105억원을 편성했다.
병무청은 2012년도 예산안을 편성하면서, 조직의 미션(병역자원의 효율적 관리와 적정 충원으로 국가안보에 기여한다)을 성공적으로 달성하고, 예외없는 병역이행과 병역이행이 자랑스러운 사회 분위기 조성 및 예비전력 강화를 위한 병력동원제도 개선 등에 중점을 두는 한편, 징병검사, 군소요 병력의 적정충원, 보충역복무지원 등에 재원을 골고루 배분했다.
정밀 신체검사 능력 확보를 위하여 생화학분석기 등 43종의 검사장비 구입비로 24억원을 배정했으며, 병무청에서 자체검사가 곤란한 질환자에 대한 민간병원 위탁검사 실시와 병역처분 참조를 위한 진단서 발급비 지원 등에도 7억원을 마련했다.
한편 면제 판정대상자 등의 정밀 신체검사 업무를 수행하는 중앙신체검사소가 2012년 대구혁신도시로 이전하면서 MRI 등 최신 의료장비와 검사시설을 확충하고 지난 2002년 설치 후 건물노후화, 검사공간 협소 등으로 인해 질 높은 서비스 제공에 한계가 있었으나, 이전·신축으로 서비스 환경이 크게 개선될 것으로 전망된다.
각 군이 필요로 하는 우수 정예자원을 적정 충원해 군의 전투력 유지·향상에 기여하고, 입영일자 본인선택, 대학 전공 등을 고려한 특기와 적성에 맞는 맞춤형 모집 확대 등 입영자의 개인별 만족도를 높일 수 있도록 예산을 지원해 나갈 예정이다.
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